结论：是同一所学校
是的。约翰斯·霍普金斯大学、约翰·霍普金斯大学、霍普金斯大学、霍普金斯，以及英文缩写 JHU，指的都是美国那一所 Johns Hopkins University。
这中间没有两所学校，也没有分校和主校的区别。你在不同地方看到的不同叫法，只是同一所学校的中文译名差异和英文缩写，不是不同的机构。
为什么会有两种中文译名
差别出在校名里的人名上。这所学校的英文名是 Johns Hopkins University，其中的 Johns 不是常见的 John，后面带一个 s。按这个拼写对应的规范中文译名，是带「斯」字的「约翰斯·霍普金斯大学」。
不过在实际使用中，媒体和留学机构里「约翰·霍普金斯大学」这个少一个「斯」字的写法同样非常普遍，两种译法长期并存，都已经形成了稳定的使用习惯。所以你在资料里看到这两种写法时，不必怀疑自己看到的是不是同一所学校——它们指向的是同一个对象。
需要注意的一点：此处只是中文译名在用字上的差别，不涉及学校本身改名、合并或其他历史变动。如果你需要确认某项材料的正式表述，以该材料发布方使用的写法为准。
JHU 这个缩写怎么用
JHU 是 Johns Hopkins University 的英文缩写，取三个实词的首字母。它主要出现在英文语境里，比如学校官网域名、英文邮件、英文系统里的下拉选项、成绩单和英文文书材料中。
在中文写作里，JHU 通常作为补充说明出现。比较稳妥的写法是：正文用「约翰斯·霍普金斯大学」，第一次出现时括注「JHU」，后文可直接使用缩写。这样既保证正式名称完整，也方便读者对应到英文材料。
如果你在填表时遇到「学校名称」一栏，优先按表格要求填写：要求填英文全称的，填 Johns Hopkins University；要求填中文的，用完整译名；只有缩写框才填 JHU。不要在同一批材料的不同位置混用多种写法，以免后续核对时产生疑问。
查资料时容易踩的坑
第一个坑是搜索。用「约翰斯·霍普金斯大学」和「约翰·霍普金斯大学」分别检索，结果覆盖的内容并不完全一样。查资料时如果感觉信息不全，换另一种译名再搜一遍，往往能补上。
第二个坑是简称「霍普金斯」。在中文口语和短句里，「霍普金斯」确实常被用来指这所学校，但它本身不够完整，不适合出现在正式文书、申请材料或需要精确对应的表格里。正式场合请写完整译名。
第三个坑是对照英文材料。中文译名差异只存在于中文侧，英文只有一个 Johns Hopkins University。如果你的中文资料用的是某种译名，而英文材料写的是 JHU 或全称，两者并不冲突。
第四个坑是别把译名用字差别理解成两个项目或两个校区。这不是并列关系，只是同一所学校的两种中文写法加上一个英文缩写。
填表和文书里怎么落笔
中文材料：统一用「约翰斯·霍普金斯大学」，全篇保持一致；如果目标读者习惯另一种写法，可在首次出现时注明常见别名，后文仍用一种。
英文材料：用 Johns Hopkins University，缩写 JHU 只在明确允许或空间受限时使用。
引用他人文章或报道时，保留原文的写法，不必强行统一，但要确认对方讨论的确实是这所学校。
具体项目信息以学校官网当年发布为准。